Od 1818 r. na terenie diecezji znalazł się Kalisz ze swoim sanktuarium św. Józefa. Łaskami słynący obraz Świętej Rodziny, gdzie św. Józef był szczególnie czczony, został ozdobiony koronami papieskimi już w 1796 r. To pewnie było przyczyną obrania tego świętego za patrona diecezji. Dzięki staraniom bpa Wincentego Popiela w 1880 r. Stolica Apostolska wydała dekret ustanawiający głównym patronem diecezji św. Józefa. W 1930 r. 50-tą rocznicę tego wydarzenia przypomniał biskup włocławski w swoim liście pasterskim wydanym z okazji obchodzonego wówczas nadzwyczajnego roku jubileuszowego. Położył w nim główny nacisk na rolę rodziny i na zagrożenia, jakie niosły dla niej ówczesne czasy. Chociaż od 1992 r. sanktuarium św. Józefa jest już poza diecezją włocławską, św. Józef pozostał nadal jej głównym patronem. Drugim patronem został obrany błogosławiony Bogumił z Dobrowa.